Qual è il modo migliore per convertire un pdf in un formato adatto a kindle o altri ebook reader?

Ciao, spero che questo aiuti un po'.
PDF non è supposto per reflow. È un formato a layout fisso. La maggior parte degli eReader può visualizzare il PDF.

Se hai bisogno di convertirlo in formato Kindle dovresti considerare Kindle a layout fisso (replica di stampa). Puoi usare Amazon's Kindle Textbook Creator per creare questo formato. Manterrà il layout del PDF. Questo file sarà disponibile su Kindle Fire, iPhone, iPad, Android Tablets e Smart phones così come su Mac e Windows PCs - Non funzionerà su altri dispositivi e-Ink. Per distribuire questo tipo di eBook avrai bisogno di un account con Kindle Direct Publishing.

Ci sono vari altri software per convertire da PDF a ePub, la maggior parte di essi ti darà un risultato scadente e saranno necessari molti aggiustamenti in html per rendere più pulito l'eBook.

Se il tuo PDF è principalmente testo potrebbe essere una buona idea estrarre il testo in Word o Pages (su Mac) poi esportarlo/salvarlo come ePub. (cerca su Mac App Store PDF to Word) Ci sono anche alcuni convertitori da PDF a ePub per Mac.
Spiacente, non conosco soluzioni per Windows ma sono sicuro che ce ne saranno molte da provare.