Come ricompilare un codice sorgente Android in un file JAR

È importante capire che questo è un processo in due fasi. L'output del passo di compilazione sono i file .class con tutti i relativi file di risorse come i file .properties...ecc... Per compilare i file .java in file .class è importante usare la versione compatibile del JDK javac e impostare il livello di conformità del compilatore (opzioni di rilascio, sorgente e destinazione di javac). Ad esempio oggi, in molti casi per la compatibilità hai bisogno del livello di conformità 1.8, dipende dal tuo ambiente, dai requisiti...

In eclipse i tuoi file di classe sono tipicamente compilati in un /bin o con maven sono nella directory target/classes. Le impostazioni del compilatore Java sono:

Dopo aver completato con successo la compilazione il packaging è semplice. Lo strumento Jar è simile allo strumento zip (dopo aver rinominato .jar in .zip è possibile esaminare il contenuto). Si danno tutti i file di input, le opzioni come la compressione e le directory e si ottiene un file di archivio .jar contenente i file di classe e tutte le altre risorse. È possibile includere file .java di origine, file di configurazione, file di informazioni sulla versione, file manifest, javadoc e altra documentazione...ecc... dipende dalle tue esigenze...

Deve essere semplice copiare il contenuto e la struttura del file .jar originale con i nuovi file di classe quindi presumo che il tuo problema sia più il processo del compilatore...