È possibile progettare un sistema operativo (in qualsiasi modo) che possa eseguire direttamente .exe, .deb, .rpm, apk, ecc.

Ok, vi spiegherò questo nel modo più semplice possibile. Ogni sistema operativo ha qualcosa chiamato kernel. Linux ne ha uno, OS X ne ha uno e anche Windows. Questi "kernel" sono la magia che fa funzionare il sistema operativo, specifico per l'hardware o meno.
Ora se qualcuno fa un sistema operativo ed è molto possibile farne uno e chiamarlo OS1 o qualcosa del genere e renderlo in grado di eseguire .exe, .deb e .rpm e .dmg tutto in un sistema operativo richiederebbe lui/lei di codice e integrare diversi quadri in un sistema operativo, e per fortuna BlackBerry ha fatto questo con il loro più recente BlackBerry 10 OS's che consente di eseguire Android. file APK in un quadro sicuro Android con supporto completo di notifica e supporto motore e condividere lo stesso hardware con il sistema operativo nativo e la sua molto stabile.
Se qualcuno fa un sistema operativo come questo, per il consumatore non sarebbe accettabile, più framework e codice in esecuzione sullo stesso sistema operativo lo renderà un monopolizzatore di RAM, e mi piace avere Gigabyte su gigabyte di RAM libera (per vedere quanta RAM prenderebbe OS1 potete scaricare una copia di Bluestacks ed eseguirla sul vostro Pc o Mac)
Nel caso di Bluestacks viene eseguito un ambiente android virtuale con i necessari framwork android, motori e altro, che ha preso una quantità enorme di RAM dal mio PC, ho 16 Gigs installati e prende circa 800MB di RAM. Inoltre, l'esecuzione di Final Cut Pro e Adobe Premiere Pro (per Windows) su OS1, entrambe le applicazioni ad alta intensità di CPU e RAM, può e farà crashare il sistema, il sistema operativo sarebbe confuso nel prendere le richieste perché sia Windows che OS X sono progettati per funzionare in un modo completamente diverso, si avrebbero crash su crash, registri di dump su registri di dump e alla fine ci si arrenderà.
Per le aziende però, specialmente Apple, cause legali. Microsoft? Non gliene frega niente, Linux? Sarebbero felici.