Qual è il miglior motore per creare applicazioni?

Cercherò di rispondere dal punto di vista dello sviluppatore di applicazioni mobili.
Tipicamente per le applicazioni mobili non usiamo la parola "motore" piuttosto usiamo "framework".
Sono sicuro che non c'è un "miglior motore". C'è un sacco di cose che devi prendere in considerazione.
Se la tua priorità è quella di consegnare la tua app a quanti più clienti possibile, probabilmente avrai bisogno di qualcosa come Kinetise, PhoneGap o Appcelerator o anche abbandonare l'idea di app e creare un sito web con web design reattivo che funzionerà su qualsiasi OS/dispositivo.
Se volete creare un gioco il meglio sarebbe qualche motore di gioco specializzato come Unity o Unreal Engine.

Ma se state cercando di costruire una tipica applicazione mobile che funzioni velocemente e abbia un bell'aspetto e vi rivolgete a un paio di piattaforme, vi raccomanderei di non usare alcun motore di terze parti per la creazione di app. Concentratevi sugli strumenti forniti dal produttore del sistema operativo, usate UIKit per iOS, usate Android SDK per Android, usate gli strumenti forniti da Microsoft per Windows Phone (non li conosco). E il più importante: progettare separatamente per ogni piattaforma. Non c'è niente come un buon design universale delle app, ogni piattaforma ha le sue regole e i suoi modelli. Usate il "material design" per Android e il "panorama control" per Windows Phone ma non cercate di imitare UIActivityViewController su piattaforme diverse da iOS (o qualsiasi altro elemento UI specifico del sistema operativo).
Se questo è il vostro primo progetto mobile concentratevi su una piattaforma, quella che vi interessa di più, e rivedete i risultati. Se il tuo progetto fallisce, perderai meno sforzi se sviluppi per una sola piattaforma. Se vuoi fare dei grossi cambiamenti nei processi aziendali perché hai trovato dei problemi all'inizio del tuo progetto, sarebbe più facile ripensare, consegnare e analizzare i risultati per una sola app invece di un paio. Se consegnate la vostra app più velocemente guadagnerete soldi e otterrete prima il feedback degli utenti.