La differenza nella morfologia di cocchi e bacilli sta nella forma del batterio. Cocci e bacilli si differenziano per la loro forma. I cocchi sono di forma sferica: mentre i bacilli sono a forma di bastoncino. I cocchi sono generalmente aflagellate, cioè privi di flagelli. I bacilli possono essere aflagellate o flagellate. Il numero e la posizione del flagello differiscono nelle diverse forme di bacillo. Sia i cocchi che i bacilli possono verificarsi singolarmente o in aggregazione di due o più e definiti di conseguenza.