In che modo il pH influenza la struttura degli aminoacidi?

Risposta:

Protonazione e deprotonazione dell'amminoacido

Spiegazione:

The pH di un amminoacido colpisce quali atomi protonano e deprotonano. Cominciamo guardando la struttura generica di un amminoacido.

https://iweb.langara.bc.ca/biology/mario/Biol2315notes/biol2315chap3.html

Notare qualcosa di strano? Il gruppo amminico è protonato ma il carbossile no. Gli aminoacidi sono anfoteri, nel senso che possono agire come un acido e una base. Inoltre, gli aminoacidi sono dipolari. Le specie anfotere e dipolari sono chiamate zwitterioni.

Ciò è dovuto al fatto che i gruppi di ammonio (amino) sono meno acidi degli acidi carbossilici. Guarda al #pK_a# valori dei gruppi ammonio e carbossilico. Il #pK_a# dell'acido carbossilico è sempre inferiore a quello del gruppo ammonio. All'aumentare del pH, sarà deprotonato prima del gruppo ammonio.

Per gli aminoacidi con gruppi R protonati, è necessario prestare attenzione ai loro #pK_a# valori. L'atomo con il più basso #pK_a# sarà deprotonato. Utilizzare il seguente collegamento per trovare un elenco di #pK_a# valori per tutti gli aminoacidi.

#pK_a# valori per aminoacidi

L'esatto contrario accadrebbe per la protonazione degli aminoacidi. Il #pK_b# i valori per i gruppi amminici sono inferiori a quelli dei gruppi carbossilici, quindi i gruppi amminici verranno protonati prima dei gruppi carbossilici.

Ecco le strutture che aumentano il pH per un amminoacido generico. Se inizi a un pH elevato e lo diminuisci, leggi le strutture da destra a sinistra.
http://butane.chem.uiuc.edu/cyerkes/chem104A_S07/Lecture_Notes_104/lect27c.html

Ecco un esempio di deprotonazione di un gruppo R protonato (acido glutammico).
http://butane.chem.uiuc.edu/cyerkes/chem104A_S07/Lecture_Notes_104/lect27c.html

Si noti che questa è la struttura SBAGLIATA a pH neutro. Questa è di solito una risposta trappola nei test.
https://www.bioinformatics.org/tutorial/1-3.html

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