Cosa avrebbe meno input lag, una USB 3.1 o un adattatore da USB-C a USB 3 inserito in una porta Thunderbolt 3?

Di gran lunga, la principale fonte di lag sarebbe il protocollo USB stesso.

Una punturina: USB-C e USB 3.1 sono concetti perpendicolari. Non sono alternative. Tutte le porte USB-C possono già realizzare l'USB 3.1. USB-C è la porta fisica, mentre USB 3.1 è il protocollo di come i segnali lo attraversano. Non hai bisogno di un convertitore USB 3 → Tb3, la porta USB-C supporta già l'USB 3.1. A meno che quella porta "USB-C" non sia in realtà una porta USB a tutti e ha solo circuiti Tb dietro di essa, cioè è una porta Thunderbolt 3, NON una porta USB-C (che non ho incontrato prima perché non ha senso per un produttore fare questo, ma è teoricamente possibile).

Detto questo, se si utilizza un convertitore TB3, si sta solo aggiungendo un passo in più nel mezzo. Probabilmente aggiungerebbe solo una latenza extra. Anche se dipenderebbe dal circuito di commutazione interno dietro quella porta USB-C, come sceglie di inviare il segnale a un controller USB o al PCIe da una connessione TB.

Quindi se il convertitore è più veloce del controller già lo è.

Ma i miei soldi sarebbero sulla USB 3.1 diretta attraverso la porta USB-C senza un convertitore in mezzo. La probabilità che il convertitore sia più veloce del controller USB interno è piuttosto scarsa. E anche in questo caso, sarebbe una differenza molto piccola, difficilmente misurabile, per non parlare di quella notevole.

Stiamo parlando di spaccare il capello in quattro qui. Il tempo per scrivere questa domanda e questa risposta ha probabilmente fatto perdere più tempo di quanto sarebbe la differenza se fosse accumulata in un'intera vita umana.